หลังจากที่ในช่วงปลายปี 2547ถึงกลางปี 2548 ไทยประสบปัญหาฝนทิ้งช่วงจนเกิดปัญหาน้ำไม่เพียงพอกับความต้องการโดยเฉพาะเพื่อการเพาะปลูก ทำให้ในช่วงฤดูแล้งปี 2549 หรือในช่วงกลางปี 2549 นี้มีการวางแผนการใช้น้ำเพื่อที่จะให้มีน้ำเพียงพอจนถึงช่วงฤดูฝน แต่ตั้งแต่ปลายเดือนกรกฎาคมเป็นต้นมามีภาวะฝนตกชุกอย่างต่อเนื่อง โดยเฉพาะทางภาคเหนือ ปริมาณน้ำที่เคยคาดว่าจะไม่เพียงพอสำหรับฤดูการเพาะปลูกปี 2549/50 กลับมีมากเกินความต้องการในบางพื้นที่ และสร้างความเสียหายต่อภาคเกษตรกรรมอย่างมาก โดยกระทรวงเกษตรฯประเมินความเสียหายเฉพาะในวันที่ 1 สิงหาคม-10 ตุลาคม 2549 ไว้ที่ 927.49 ล้านบาท ซึ่งความเสียหายที่มีการรายงานกันในขณะนี้ยังเป็นเพียงความเสียหายในเบื้องต้นเท่านั้น คาดการณ์ว่าความเสียหายจากน้ำท่วมในปีนี้จะใกล้เคียงในปี 2547 คืออยู่ที่ประมาณ 1,600 ล้านบาท ทั้งนี้เนื่องจากคาดการณ์ว่ายังคงมีรายงานความเสียหายเข้ามาเพิ่มเติม ในปัจจุบันการประเมินความเสียหายนั้นยังไม่ครอบคลุมทุกจังหวัดที่ได้รับผลกระทบจากภาวะน้ำท่วม โดยในบางพื้นที่เจ้าหน้าที่ของทางกระทรวงเกษตรฯยังไม่สามารถเข้าไปประเมินความเสียหายได้ และในบางจังหวัดก็เพิ่งจะได้รับผลกระทบจากภาวะน้ำท่วม รวมทั้งยังคาดว่ามีอีกหลายจังหวัดที่จะได้รับผลกระทบจากภาวะน้ำท่วมในระยะต่อไป โดยเฉพาะจังหวัดที่อยู่ริมแม่น้ำเจ้าพระยา อันเป็นผลมาจากการระบายน้ำของจังหวัดที่ได้รับผลกระทบน้ำท่วมทางภาคเหนือ
กระทรวงเกษตรฯรายงานความเสียหายเบื้องต้นจากน้ำท่วมอันเป็นผลมาจากร่องความกดอากาศต่ำต่อเนื่องพายุดีเปรสชั่นและพายุช้างสาร ในระหว่างวันที่ 1 สิงหาคม-10 ตุลาคม 2549 พื้นที่เสียหาย 54 จังหวัด ประมาณมูลค่าความเสียหาย(ณ วันที่ 10 ตุลาคม ) 927.49 ล้านบาท รายงานความเสียหายในเบื้องต้น แยกเป็น
-ด้านพืช พื้นที่เสียหาย 49 จังหวัด โดยเป็นพื้นที่ประสบภัย 3.61 ล้านไร่ และพื้นที่คาดว่าจะเสียหาย 2.82 ล้านไร่ ประเมินมูลค่าความเสียหายในเบื้องต้น 717.40 ล้านบาท โดยพื้นที่การเกษตรที่คาดว่าจะเสียหายแยกเป็นพืชไร่ 2.69 ล้านไร่ โดยส่วนใหญ่เป็นพื้นที่ปลูกข้าวคาดว่าจะเสียหาย 2.37 ล้านไร่หรือร้อยละ 88.1 ของพื้นที่ปลูกพืชไร่ที่คาดว่าจะเสียหายจากภาวะน้ำท่วม ส่วนพืชไร่อื่นๆคาดว่าจะเสียหาย 0.32 ล้านไร่ ส่วนใหญ่เป็นพื้นที่ปลูกข้าวโพดเลี้ยงสัตว์ อ้อย และถั่วเหลือง ส่วนพืชสวนคาดว่าจะเสียหาย 134,554.5 ล้านไร่ โดยส่วนใหญ่เป็นไม้ผลและไม้ยืนต้น และพืชผัก ซึ่งความเสียหายของไม้ผลไม้ยืนต้นนั้นยังแยกได้เป็นความเสียหายโดยสิ้นเชิงหรือไม้ผลไม้ยืนต้นตาย ทำให้ต้องมีการปลูกใหม่ โดยต้องใช้ระยะเวลาอย่างน้อย 5 ปีจึงจะให้ผลอีกครั้งหนึ่ง ส่วนความเสียหายอีกประเภทหนึ่งคือ ภาวะน้ำท่วมทำให้ไม้ผลไม้ยืนต้นโทรม ซึ่งเกษตรกรต้องลงทุนบำรุงต้นให้สมบูรณ์เพื่อหวังผลผลิตในปีถัดไป
คาดว่าเมื่อประเมินความเสียหายจากภาวะน้ำท่วมในครั้งนี้ในช่วงปลายปี 2549 มูลค่าความเสียหายจากภาวะน้ำท่วมในด้านพืชนี้จะสูงถึง 1,400 ล้านบาท เนื่องจากความเสียหายที่ยังไม่ได้รายงานนั้นเป็นความเสียหายจากพื้นที่ภาคกลาง โดยเฉพาะพื้นที่ปลูกข้าว เนื่องจากในบางจังหวัดกำลังอยู่ในช่วงข้าวกำลังตั้งท้องหรือกำลังจะเก็บเกี่ยวข้าว นอกจากนี้ในกรณีที่ภาวะน้ำท่วมยังไม่คลี่คลายในบางจังหวัดทำให้พื้นที่เกษตรที่ประสบภัยจะกลายเป็นพื้นที่เสียหาย ซึ่งความเสียหายด้านพืชจากภาวะน้ำท่วมในปี 2549 นี้นับว่าใกล้เคียงกับในปี 2547 ซึ่งทางกระทรวงเกษตรฯประเมินความเสียหายไว้ 1,395 ล้านบาท อย่างไรก็ตามข้อแตกต่างก็คือ คาดว่าในปี 2549 ความเสียหายในด้านพืชจะเกิดขึ้นกับภาคกลางมากกว่าในปี 2547 เนื่องจากปริมาณน้ำที่ระบายจากภาคเหนือลงมาในเขตภาคกลางในช่วงที่มีฝนตกชุกในภาคกลาง และน้ำทะเลหนุนสูง ทำให้เกิดภาวะน้ำท่วมสูงกว่าทุกปีในเขตภาคกลางและระบายออกได้ช้า ซึ่งจะสร้างความเสียหายต่อภาคเกษตรกรรมมากกว่าในปี 2547 โดยในปี 2547 นั้นความเสียหายในด้านพืชส่วนใหญ่จะอยู่ในเขตภาคเหนือ
-ด้านปศุสัตว์ มูลค่าความเสียหายเบื้องต้น 169.57 ล้านบาท จำนวนปศุสัตว์ 1,393,554 ตัว โดยแยกเป็นโค-กระบือ 105,244 ตัว สุกร-แพะ-แกะ 65,513 ตัว และสัตว์ปีก 1,222,797 ตัว ซึ่งส่วนใหญ่ความเสียหายที่รายงานในเบื้องต้นนี้ยังเป็นความเสียหายของภาคเหนือ รวมทั้งแปลงหญ้า 4,950 ไร่โดยส่วนใหญ่เป็นความเสียหายในพื้นที่รอบนอกของเขตกรุงเทพฯ และบางส่วนอยู่ในจังหวัดพิจิตรและลำปาง เช่นเดียวกับความเสียหายในด้านพืชเมื่อมีการประเมินความเสียหายทั้งหมดจากภาวะน้ำท่วมในปี 2549 แล้วมูลค่าความเสียหายน่าจะสูงเกือบ 200 ล้านบาท เนื่องจากพื้นที่ภาคกลางนั้นเป็นแหล่งเลี้ยงปศุสัตว์ที่สำคัญ
-ด้านประมง มูลค่าความเสียหายเบื้องต้น 40.53 ล้านบาท พื้นที่เสียหาย 30,042 ไร่ โดยแยกเป็นบ่อเลี้ยงปลา 22,879 บ่อ แปลงเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ 8 แปลง และกระชังเลี้ยงสัตว์น้ำ 2,760 กระชัง ความเสียหายส่วนใหญ่ยังคงอยู่ในพื้นที่ภาคเหนือ โดยเฉพาะบ่อเพาะเลี้ยงปลาน้ำจืด อย่างไรก็ตามคาดว่าในช่วงปลายปีเมื่อมีการประเมินความเสียหายจากภาวะน้ำท่วมในปี 2549 แล้วมูลค่าความเสียหายด้านประมงน่าจะสูงเกือบ 100 ล้านบาท เนื่องจากยังไม่ได้มีการประเมินความเสียหายของพื้นที่ภาคเหนือตอนล่างและภาคกลางที่จะได้รับผลกระทบจากการระบายน้ำและภาวะฝนตกชุกในพื้นที่ภาคเหนือตอนบน ซึ่งพื้นที่ภาคเหนือตอนล่างโดยเฉพาะนครสวรรค์ และพื้นที่ภาคกลาง โดยเฉพาะสิงห์บุรี ชัยนาท ปทุมธานีและพระนครศรีอยุธยาเป็นแหล่งเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำที่สำคัญ
นอกจากความเสียหายที่เกิดขึ้นกับผลผลิตทางการเกษตรแล้ว ผลกระทบต่อเนื่องจากภาวะน้ำท่วมดังนี้
1.ราคาสินค้าเกษตร ในระยะสั้นราคาสินค้าเกษตรสำคัญมีแนวโน้มเปลี่ยนแปลง แต่คาดว่าจะเป็นช่วงสั้นเท่านั้น กล่าวคือ ราคาข้าวเปลือกโดยเฉพาะในพื้นที่ภาคเหนือในช่วงนี้ลดต่ำลงเหลือตันละ 3,300-3,900 บาท เนื่องจากข้าวมีความชื้นสูง และหมดช่วงการรับจำนำ และไม่เกิดการแข่งขันรับซื้อข้าวจากโรงสี เนื่องจากหลายแห่งปิดกิจการจากการประสบปัญหาขาดทุนในช่วงหลายปีที่ผ่านมา เช่นเดียวกันสถานการณ์ราคามันสำปะหลังที่ลดต่ำลงเช่นกันจากปัญหาความชื้น อย่างไรก็ตาม ข่าวการเกิดภาวะน้ำท่วมและความเสียหายของภาคเกษตรกรรม ทำให้ผู้ซื้อสินค้าเกษตรของไทยในต่างประเทศเริ่มพิจารณาปรับแนวทางในการซื้อสินค้าเกษตรของไทย เนื่องจากในปีนี้ประเทศผู้ผลิตสินค้าเกษตรกรรมสำคัญต่างประสบปัญหาภัยธรรมชาติ ทำให้คาดว่าปริมาณผลผลิตสินค้าเกษตรในตลาดโลกอาจจะมีแนวโน้มลดลง ส่วนราคาสินค้าเกษตรที่มีแนวโน้มสูงขึ้นอย่างชัดเจนในช่วงนี้คือ ราคาสินค้าประเภทพืชผักโดยเฉพาะผักกินใบ เนื่องจากบางส่วนได้รับความเสียหายจากภาวะน้ำท่วมและฝนตกชุก รวมทั้งยังมีปัจจัยหนุนคือ ใกล้ช่วงเทศกาลกินเจในช่วงปลายเดือนตุลาคม ซึ่งเป็นช่วงที่มีความต้องการบริโภคผักเพิ่มขึ้น
คาดว่าในระยะยาวราคาสินค้าเกษตรสำคัญบางรายการจะมีแนวโน้มปรับตัวเพิ่มขึ้นจากที่เคยคาดการณ์ว่าในช่วงปลายปีซึ่งเป็นช่วงต้นฤดูการผลิตราคาสินค้าเกษตรจะปรับตัวลดลง พื้นที่ที่เสียหายเกษตรกรได้รับการช่วยเหลือจากหน่วยงานราชการในการแจกเมล็ดพันธุ์และพันธุ์สัตว์เพื่อผลิตทดแทนแล้ว เพียงแต่ผลผลิตอาจจะออกสู่ตลาดล่าช้ากว่าฤดูกาลปกติประมาณ 1-2 เดือน ส่งผลให้ผลผลิตสินค้าเกษตรไม่กระจุกตัวอยู่ในช่วงปลายปี แต่จะกระจายตัวไปออกผลผลิตในช่วงไตรมาสแรกของปี 2550
อย่างไรก็ตาม ประเด็นที่ต้องพิจารณาร่วมด้วยคือ นโยบายการแทรกแซงราคาสินค้าเกษตรของรัฐบาล ซึ่งรัฐบาลยังไม่ประกาศราคาแทรกแซงการรับจำนำข้าว โดยถ้ารัฐบาลประกาศราคารับจำนำอยู่ในเกณฑ์สูง ก็จะส่งผลทำให้ราคาข้าวในประเทศอยู่ในเกณฑ์สูง และผู้ส่งออกจะประสบปัญหาการแข่งขัน
2.สินค้าเกษตรและอุตสาหกรรมเกษตรที่ได้รับผลกระทบจากภาวะน้ำท่วม สถานการณ์อุทกภัยในปี 2549ส่งผลกระทบต่อสินค้าเกษตรและอุตสาหกรรมเกษตรหลายสินค้า ดังนี้
-ข้าว ภาวะน้ำท่วมในช่วงปลูกข้าวนาปีในปี 2549 แยกผลกระทบออกเป็นผลกระทบต่อพื้นที่ปลูกข้าวในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ กับพื้นที่ปลูกข้าวในภาคเหนือตอนล่างและภาคกลาง กล่าวคือภาวะน้ำท่วมปี 2549 ไม่ได้สร้างความเสียหายให้กับพื้นที่ปลูกข้าวในภาคตะวันออกเฉียงเหนือมากนัก คาดว่าผลผลิตข้าวหอมมะลิในปี 2549/50 ซึ่งภาคตะวันออกเฉียงเหนือเป็นแหล่งปลูกสำคัญจะเพิ่มขึ้นกว่าปกติ เนื่องจากมีปริมาณน้ำเพียงพอในการเพาะปลูก โดยเฉพาะในพื้นที่ปลูกข้าวจากพื้นที่นาดอน และนอกเขตชลประทาน ซึ่งน่าจะได้รับผลดีอันเนื่องจากฝนตกชุกทำให้มีปริมาณน้ำเพียงพอในการเพาะปลูก แม้ว่าพื้นที่นาในเขตที่ลุ่มจะได้รับความเสียหายบ้าง นอกจากนี้คาดว่าราคาข้าวยังอยู่ในเกณฑ์สูงจูงใจให้ชาวนาเพิ่มผลผลิต ส่วนพื้นที่ปลูกข้าวในภาคเหนือตอนล่างและภาคกลางคาดว่าปริมาณข้าวลดลงเนื่องจากความเสียหายจากภาวะน้ำท่วม โดยส่วนใหญ่จะเป็นข้าวขาว ซึ่งจะส่งผลให้มีปริมาณข้าวขาวออกสู่ตลาดลดลง และกระจายผลผลิตไปออกสู่ตลาดในช่วงไตรมาสแรกปี 2550 ทำให้ราคาข้าวขาวมีแนวโน้มอยู่ในเกณฑ์สูงกว่าปี 2549 อย่างไรก็ตามคาดว่าในช่วงฤดูแล้งปี 2550 ชาวนาในภาคกลางจะขยายพื้นที่ปลูกข้าว ทดแทนพื้นที่ข้าวนาปีที่ประสบความเสียหายจากภาวะน้ำท่วม ทำให้ผลผลิตข้าวนาปรังในปี 2550 มีแนวโน้มเพิ่มขึ้น ซึ่งถ้าปริมาณข้าวนาปรังออกสู่ตลาดมากจะส่งผลต่อราคาข้าวในช่วงครึ่งหลังปี 2550
-ข้าวโพดเลี้ยงสัตว์ กระทรวงเกษตรฯคาดว่าผลผลิตข้าวโพดเลี้ยงสัตว์ปี 2549/50 มีประมาณ 3.65 ล้านตัน ลดลงจากปีที่ผ่านมาร้อยละ 6.0 เนื่องจากเกษตรกรบางส่วนเปลี่ยนไปปลูกมันสำปะหลังเพื่อผลิตเอทานอลและปลูกอ้อยโรงงานที่ได้ราคาดีกว่า ทำให้ราคาข้าวโพดเลี้ยงสัตว์สูงขึ้นต่อเนื่องจากในปี 2549 ที่อยู่ในระดับสูงที่สุดในรอบหลายปีที่ผ่านมา ดังนั้นภาวะน้ำท่วมในปี 2549 ส่งผลกระทบซ้ำเติมทำให้อาจเกิดภาวะขาดแคลนข้าวโพดเลี้ยงสัตว์ และราคาพุ่งสูงขึ้นกว่าที่คาดการณ์ไว้ ซึ่งจะส่งผลกระทบต่อเนื่องถึงอุตสาหกรรมการเลี้ยงสัตว์ โดยเฉพาะการเลี้ยงไก่เนื้อ โดยต้นทุนการเลี้ยงจะมีแนวโน้มสูงขึ้น ทำให้ราคาไก่เนื้อในประเทศมีแนวโน้มสูงขึ้น ซึ่งนอกจากจะส่งผลกระทบต่อผู้บริโภคเนื้อไก่ในประเทศแล้ว ยังส่งผลต่อการแข่งขันในการส่งออกผลิตภัณฑ์ไก่เนื้ออีกด้วย
-ไม้ผลไม้ยืนต้น ภาวะน้ำท่วมส่งกระทบต่อไม้ผลไม้ยืนต้น 2 ลักษณะคือ ยืนต้นตายเนื่องจากน้ำท่วมขังเป็นเวลานาน และต้นโทรมให้ผลผลิตได้ลดลง ซึ่งทำให้ปริมาณผลไม้ที่จะเข้าสู่ตลาดมีลดลง ส่งผลต่อเนื่องถึงราคาผลไม้ในช่วงกลางปี 2550 เนื่องจากไม้ผลที่ได้รับผลกระทบในภาคเหนือและภาคตะวันออกนั้นยังไม่ใช่ฤดูการผลิต แต่จะส่งผลกระทบต่อการให้ผลผลิตซึ่งส่วนใหญ่อยู่ในช่วงไตรมาสที่สองปี 2550 นอกจากนี้เกษตรกรผู้ปลูกไม้ผลไม้ยืนต้นจะต้องลงทุนเพิ่มขึ้นในการปลูกทดแทนและการบำรุงต้นให้ฟื้นกลับมาจากภาวะน้ำท่วม
-พืชผัก ภาวะน้ำท่วมสร้างความเสียหายให้กับพืชผัก เนื่องจากภาคเหนือและภาคกลางเป็นแหล่งปลูกผักป้อนตลาดทั่วประเทศ กอปรกับใกล้ช่วงเทศกาลกินเจ ส่งผลให้ราคาผักมีแนวโน้มสูงขึ้น มีแนวโน้มว่าในปีนี้ราคาผักจะสูงมากขึ้นเป็นประวัติการณ์ด้วย อย่างไรก็ตามเกษตรกรที่ปลูกผักในจังหวัดนครปฐมและปทุมธานีได้รับผลดี เนื่องกจากไม่ได้รับผลกระทบจากภาวะน้ำท่วมและสามารถจำหน่ายผลผลิตได้ในราคาสูงขึ้นด้วย
-เพาะเลี้ยงสัตว์น้ำจืด แหล่งเพาะเลี้ยงปลาน้ำจืดที่สำคัญของประเทศอยู่ในเขตภาคเหนือตอนล่าง โดยเฉพาะจังหวัดนครสวรรค์ คาดว่าจะส่งผลกระทบต่อเนื่องถึงปริมาณปลาน้ำจืดในประเทศ และทำให้ราคาปลาน้ำจืดมีแนวโน้มสูงขึ้น อย่างไรก็ตามเกษตรกรที่เพาะเลี้ยงปลาน้ำจืดในภาคตะวันออกเฉียงเหนือจะได้รับผลดี เนื่องจากไม่ได้รับผลกระทบจากภาวะน้ำท่วมมากนัก
-อุตสาหกรรมเกษตร อุตสาหกรรมเกษตรที่ได้รับผลกระทบจากภาวะน้ำท่วมในปี 2549 ส่วนใหญ่จะอยู่ทางภาคเหนือ โดยเฉพาะอุตสาหกรรมแปรรูปผักและผลไม้ โดยได้รับผลกระทบจากปริมาณวัตถุดิบป้อนโรงงานลดลง และโรงงานได้รับความเสียหายจากภาวะน้ำท่วม ทำให้ไม่สามารถดำเนินการผลิตได้ นอกจากนี้คาดว่าความเสียหายจากภาวะน้ำท่วมจะส่งผลกระทบต่อโรงงานอุตสาหกรรมเกษตรในพื้นที่ภาคเหนือตอนล่างและภาคกลาง เนื่องจากการระบายน้ำลงมาจากภาคเหนือ โดยอุตสาหกรรมเกษตรที่คาดว่าจะได้รับผลกระทบคือ อุตสาหกรรมแปรรูปปลาน้ำจืด ซึ่งส่วนใหญ่ตั้งอยู่ในพื้นที่ภาคเหนือตอนล่าง และอุตสาหกรรมอาหารสัตว์ เนื่องจากปริมาณวัตถุดิบอาหารสัตว์ที่สำคัญ โดยเฉพาะข้าวโพดเลี้ยงสัตว์ ถั่วเหลือง และปลายข้าวรวมทั้งรำข้าวมีแนวโน้มสูงขึ้น
ความเสียหายจากภาวะน้ำท่วมในปัจจุบันยังเป็นเพียงการประเมินเบื้องต้น เนื่องจากยังคงมีพื้นที่ประสบปัญหาน้ำท่วมอีกหลายจังหวัด และคาดว่าจะมีพื้นที่เกษตรที่จะได้รับผลกระทบจากปัญหาน้ำท่วมเพิ่มเติม โดยเฉพาะจังหวัดในเขตภาคเหนือตอนล่างและภาคกลาง อันเป็นผลมาจากการระบายน้ำจากภาคเหนือออกสู่ทะเล โดยคาดว่ามูลค่าความเสียหายของภาคเกษตรกรรมจากน้ำท่วมในปี 2549 จะสูงถึง 1,600 ล้านบาท แม้ว่าภาวะน้ำท่วมจะสร้างความเสียหายให้กับผลผลิตสินค้าเกษตรหลากหลายชนิด แต่ก็ส่งผลดีให้กับเกษตรกรในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ เนื่องจากผลผลิตไม่ได้รับความเสียหายจากภาวะน้ำท่วมมากนัก และยังสามารถจำหน่ายสินค้าได้ในราคาที่สูงขึ้นด้วย