ตั้งแต่วันที่ 1 มกราคม 2553 ประเทศในกลุ่มอาเซียนเดิม 6 ประเทศ คือ ไทย มาเลเซีย ฟิลิปปินส์ อินโดนีเซีย สิงคโปร์ และบรูไน มีข้อผูกพันจะต้องลดภาษีสินค้าทั้งหมดที่อยู่ในบัญชีสินค้าปกติ(Inclusion List: IL) เป็นร้อยละ 0 ขณะที่กลุ่มประเทศอาเซียนใหม่ 4 ประเทศ คือ กัมพูชา ลาว เวียดนาม และพม่า จะลดภาษีสินค้าทั้งหมดที่อยู่ในบัญชีสินค้าปกติเป็นร้อยละ 0 ภายในปี 2558 นอกจากนี้ ภายใต้กรอบข้อตกลงเขตการค้าเสรีอาเซียนหรืออาฟตายังมีรายการสินค้าภายใต้บัญชีอ่อนไหว (Sensitive List: SL) และบัญชีอ่อนไหวสูง (Highly Sensitive List: HSL) ที่จะยังไม่ลดภาษีเป็นร้อยละ 0 อีก 93 รายการ จากรายการสินค้าทั้งหมด 8,300 รายการ
ในบรรดาสินค้าเกษตรทั้งหมดที่อยู่ในบัญชีสินค้าปกติที่ไทยต้องลดภาษีเหลือร้อยละ 0 ในปี 2553 นั้นสินค้าข้าวเป็นสินค้ามีการวิพากษ์วิจารณ์กันอย่างกว้างขวางถึงผลกระทบต่อชาวนาและผู้เกี่ยวข้องในวงการค้าข้าว เนื่องจากข้าวเป็นสินค้าเกษตรที่มีผู้เกี่ยวข้องเป็นจำนวนมาก โดยไทยต้องลดภาษีนำเข้าข้าวจากเดิมร้อยละ 5 เหลือร้อยละ 0 ส่วนมาเลเซีย อินโดนีเซีย และฟิลิปปินส์นั้นข้าวอยู่ในบัญชีสินค้าอ่อนไหวสูง ดังนั้น มาเลเซียจะลดภาษีนำเข้าข้าวลงจากร้อยละ 40 ในปี 2552 เหลือร้อยละ 20 ในปี 2553 อินโดนีเซียขอไว้เท่ากับอัตราเดิมที่ผูกพันไว้กับองค์การการค้าโลก คือ ร้อยละ 30 และจะลดลงเหลือร้อยละ 25 ในปี 2558 ส่วนฟิลิปปินส์จะคงภาษีนำเข้าไว้ที่ร้อยละ 40 ไปจนถึงปี 2557 และลดภาษีเหลือร้อยละ 35 ในปี 2558 ผลกระทบที่คาดว่าจะเกิดขึ้นตามมา หลังจากการลดภาษีนำเข้าข้าวเหลือร้อยละ 0 ในวันที่ 1 มกราคม 2553 คือ ปริมาณการนำเข้าข้าวมีแนวโน้มเพิ่มขึ้น โดยเฉพาะจากประเทศลาว พม่า และกัมพูชา ซึ่งส่งผลกระทบต่อเนื่องกับผู้ที่เกี่ยวข้องกับธุรกิจข้าวของไทย ตั้งแต่ชาวนา โรงสี โรงงานอุตสาหกรรมต่อเนื่องจากข้าว ผู้บริโภคข้าวในประเทศ ไปจนถึงผู้ส่งออกข้าว
ประเด็นที่ยังต้องติดตาม คือ การตัดสินใจของทั้งฟิลิปปินส์และรัฐบาลไทยเองว่าจะเลือกปฏิบัติตามกรอบข้อตกลงอาฟตาหรือไม่ เนื่องจากสินค้าข้าวทั้งของฟิลิปปินส์และไทยเป็นสินค้าที่มีความอ่อนไหวทางการเมืองสูง และมีผู้เกี่ยวข้องโดยเฉพาะชาวนาเป็นจำนวนมาก ดังนั้น รัฐบาลทั้งสองประเทศต้องใช้ความรอบคอบอย่างมากในการตัดสินใจ ซึ่งทางเลือกของรัฐบาลไทย ได้แก่
-พิจารณาเลือกที่จะไม่ปฏิบัติตามกรอบข้อตกลงอาฟตา โดยไทยยังคงภาษีนำเข้าข้าวไว้ที่ร้อยละ 5 โดยอ้างว่าฟิลิปปินส์ก็ไม่ปฏิบัติตามข้อตกลง ส่งผลให้ไทยก็จะไม่สามารถเรียกร้องชดเชยความเสียหายจากฟิลิปปินส์ได้ และยังอาจถูกประเทศอาเซียนอื่นๆที่ได้รับความเสียหายคือ พม่า กัมพูชา และลาว เรียกร้องให้ชดเชยความเสียหายที่เกิดขึ้นจากการที่ประเทศเหล่านี้ต้องเสียภาษีนำเข้าข้าวร้อยละ 5 แทนที่จะเสียภาษีร้อยละ 0 รวมทั้งยังส่งผลต่อภาพลักษณ์ของไทยในการเจรจาในระดับพหุภาคีในอนาคต เนื่องจากถือว่าเป็นการไม่รักษาพันธกรณีที่มีการตกลงกันไว้แล้ว
-พิจารณาเลือกปฏิบัติตามกรอบข้อตกลงอาฟตา โดยลดภาษีนำเข้าข้าวเหลือร้อยละ 0 แม้ว่าฟิลิปปินส์จะเลือกที่จะไม่ปฏิบัติตามข้อตกลง โดยไทยก็สามารถเจรจาเรียกร้องให้ฟิลิปปินส์ชดเชยความเสียหายที่เกิดขึ้นได้ แต่รัฐบาลคงต้องติดตามดูแลเพื่อบรรเทาผลกระทบที่เกิดขึ้นอย่างใกล้ชิด เนื่องจากคาดการณ์ว่าจะก่อให้เกิดผลกระทบในวงกว้างตั้งแต่ชาวนา โรงสี โรงงานอุตสาหกรรมต่อเนื่อง ผู้บริโภคข้าวในประเทศ ไปจนถึงผู้ส่งออกข้าว
